Аерофлот је основан убрзо после Грађанског рата у Русији, 1923. године под именом „Доброљот“. Име Аерофлот се појавило 30-их година.
Један од првих страних градова у који су слетали авиони Аерофлота био је Кенигсберг (данас Калињинград), а прва регуларна линија унутар земље је била Москва - Нижњи Новгород. Тада је компанија користила немачке Јункерс Ф-13 авионе.
Први совјетски путнички авиони Ант-9 и К-5 су почели да лете почетком 30-их година. Први цивилни аеродром је у исто време отворен у Москви. Био је један од највећих на свету и налазио се поред садашње метро станице Аеропорт.
Прве стрјуардесе су у Аерофлоту почеле да раде 1939. Нису смеле да буду више од 162 см и теже од 52 кг.
Аерофлот је почео да се развија после Другог светског рата. Внуково (Москва) је тада био највећи аеродром СССР-а. 1956. године Аерофлот је користио први совјетски путнички авион на млазни погон Ту-104, а нешто касније и једини турбомлазни авион на свету.
Крајем 50-их година Аерофлот је поставио још један рекорд – Ту-114 је био највећи путнички авиона на свету. Касније га је заменио још један легендарни авион – Ил-62.
Шездесетих година Аерофлот се увелико рекламирао. Појавио се популарни слоган „Летите авионима Аерофлота“ а одмах затим и многе шале на рачун слогана, јер за совјетске људе није постојао други авио-превозник. Ипак смисао поруке је био да се да предност авиону, а не возу, на пример.
Совјетски Аерофлот је имао највећи број авиона у поређењу са било којим другим авио-превозником – преко 2000, од најједноставнијег Антонова Ан-2 до првог надзвучног авиона на свету Ту-144.
1980-те Аерофлот је постао званични превозник Московске летње олимпијаде. Појавио се у страним филмовима, па и у Кјубриковој „2001: Одисеји у свемиру“.
Осамдесетих година Аерофлот је имао више линија него што има данас и превозио 120 милиона путника годишње. Тај рекорд још није оборила ни једна компанија.
Једном је Аерофлот имао најдужи путнички лет, 18 000 км: Москва – Рабат – Хавана – Лима – Сантјаго.