У совјетско доба бољшевици су у оквиру антирелигијског програма порушили на десетине хиљада храмова. Они су који су избегли рушење, затворени су и коришћени у сасвим друге сврхе. Касарне, магацини, планетаријуми, домови културе, па чак и затвори – некадашњи храм могао је да постане било шта, а неки од њих су доживели необичну судбину.
Темељи за цркву Милосрдне Богородице на Васиљевском острву у Санкт Петербургу постављени су 1889. године поводом крунисања цара Александра III. Цар је лично платио део трошкова изградње, док је преостали износ донирала морнарица. Овај храм у византијском стилу заправо је грађен по налогу Поморског министарства (тадашњи централни орган руске морнарице). Зато је практично постао главна поморска црква у Санкт Петербургу. Вероватно је то утицало и на његову даљу судбину.
Још пре Октобарске револуције црква Милосрдне Богородице стекла је посебну репутацију. Налазила се у рејону Галијског пристаништа, где су се скупљале петербуршке скитнице, сиромашни, необразовани радници који су дошли са села у град. Крајем 19. и почетком 20. века у овом храму проповеди је држао свештеник Георгиј Гапон. Оне су биле толико популарне да се на њима окупљало по две-три хиљаде парохијана, а окупило би се и више да је расположиви простор дозвољавао. 1905. године Гапон је повео 50 хиљада радника на демонстрације испред Зимског дворца. Овај трагични дан касније је прозван „Крвава недеља”.
После Револуције храм је наставио са службама све до 1932. године, када је затворен уз подсећање по чијем наређењу је подигнут. Одлучено је да се у њега смести наставно-техничка станица за обуку ронилаца. И већ наредне године под куполу високог и чврстог храма смештена је барокомора.
Цев за роњење дужине 40 метара била је јединствена по томе што је то била прва конструкција овог типа у СССР-у, а друга у Европи (после Енглеске).
На месту олтара постављен је базен.
Што се тиче црквених предмета, они су брзо покрадени, а фреске на зидовима премазане бојом. Када је школа за роњење затворена, рестауратори су пронашли 10 слојева боје.
То је било 2006. године, када је почео процес повратка храма Руској православној цркви. Предмети из некадашње ронилачке школе још годинама су се повлачили по грађевини, у коју је ретко ко могао да уђе.
„Огуљени зидови, обешени каблови, огроман простор обложен зарђалим плочицама, џиновска цев, стидљиво заклоњена привременим иконостасом”, тако је описано стање храма у часопису Санктпетербуршке митрополије „Вода Живаја” 2015. године, када је почела његова реконструкција.
Притом је цев, обавијена металним степеништем, била највећи проблем. Страховало се, наиме, да конструкција храма неће издржати њену демонтажу и да ће се купола срушити. Али све је успешно изведено. Реконструкција храма још увек траје, док се црвене службе одржавају у оближњој капели.